Jednym z obszarów analizy podczas zarówno diagnozy organizacji jak i audytu zasobów ludzkich są systemy motywacyjne i oceny okresowe. Oba obszary – zarówno systemy motywacyjne jak i oceny okresowe – są ze sobą połączone i silnie oddziałowują na motywacje oraz zaangażowanie pracowników. 

Motywowanie pracowników powinno mieć zarówno składową jakościową jak i ilością. W obszarze jakościowym ważne jest ustalenie kluczowych aspektów pracy, które budują satysfakcję pracownika, a w aspekcie ilościowym stworzenie systemu motywacyjnego łączącego aspekty materialne i pozamaterialne. Systemy motywacyjne sa także ważny spoiwem i częścią strategii rozwoju, gdyż pozwalają realizować cele strategiczne organizacji poprzez ich kaskadowanie w strukturze organizacyjnej.